区别在于人物删减重合很严重。据统计《寻秦记》原著共有484位有名有姓的人物。而古天乐版《寻秦记》将原著中的人进行了大改。不得不提的是，琴清（秦国寡妇）与才女纪嫣然合并，使得两大女主光环少一；又删除了项少龙的妻子之一赵致的故事；还将赵盘的亲生母亲妮夫人改为赵雅，最遗憾的是将乌廷芳的情路彻底改变……

寻秦记删除版与原版的区别如下：

人物删减太多，例如主要女主角纪嫣然，在删除版突然消失。

另外，删减版删减许多男女情爱情节，反而增加男女主角的对话，思考等情节描写，使得人物刻画更为生动。

最后，删除版对于嬴政的描写增加了许多情节，尤其是他还是赵盘时候的故事情节。