年月日，南京沦陷，六朝古都成为废墟。浓雾中，一群教会女学生，遭遇鬼子追杀，恰巧，被一支仓皇出城的国军残部碰上，见此情景，李教官果断开枪，连续击杀几名日军，其他国军也火力全开，成功救下女学生。只是，很快日军攻来，在坦克的掩护下，日军缓缓前行，国军且战且退，来到房顶，居高临下，向日军展开扫射。

那个年代，中国军人缺少打坦克的武器，不愿当亡国奴的中国军人，用最原始的方法，对抗着鬼子坦克，爆破手会以战友的身体作掩护，尽量靠近坦克，然后，与坦克同归于尽！李教官眼含热泪，连续开枪射击电线，终于电线杆倒塌，压扁炮塔，阻止了坦克。一场恶战下来，十余人的教导小队，就仅剩三人活着。

被救的女学生，成功逃回了教堂，同样到来的还有，美国殡葬师约翰，他是来安葬神父的，只是，神父早被日本炸弹，炸成了碎肉，没了尸体，约翰要钱离开，但乔治没钱，没有办法，约翰只能暂时留下。

此时，名风尘女子，为躲避鬼子追杀，强行逃入了教堂，寻求庇护。秦淮女一入教堂，就霸占了地窖，在里面打起了麻将，学生们对秦淮女们的浪荡样，很是不齿。精通英语的玉墨，想让约翰带她们离开南京，只是，南京现在这个样子，约翰也无能为力。

深夜，李教官带着受伤的孩子，来到教堂治疗，却遭到了秦淮女的冷嘲热讽：女人们钻老鼠洞是应该的，当兵的躲在这，算什么东西，是啊，就是，孬种。李教官叹了口气，没有反驳，他只是想让孩子，离别时，能躺在暖和的地方。临走时，李教官嘱托玉墨，千万不能让女学生落在日军手中，否则他的弟兄就白死了。

隔日，秦淮女要洗澡，学生不让，双方就这样争吵起来，打斗中，枪声响起，女学生被击中脖子，秦淮女被溅了一脸血，吓得大叫，是鬼子打来了。大家慌了，开始疯狂逃命，外面留守的李教官，也立即做着相应准备。混乱中，秦淮女躲进了地窖，可就在学生要进入时，却被鬼子发现，为了保护秦淮女，学生们选择了离开，前往二楼。

鬼子撞开房门，看见女学生的他们，兽性大发，撕扯，拖拽，女学生们撕心裂肺地喊着，终于，约翰听不下去了，他拿出红十字会标志，想制止鬼子兽行，他将孩子们挡在身后，但，无济于事，自己反被枪托击晕。这时，外边的李教官也已布置完毕，他瞅准时机，果断开枪，连续击杀鬼子。鬼子被李教官引走，进入布置好的陷阱，李教官果断开枪，打爆手榴弹，鬼子应对不及，接连几人被炸飞。只是，好景不长，鬼子很快发现了，他的藏身地，并向他发起猛攻，剧烈的爆炸后，鬼子缓缓攻去，此时，李教官早已身负重伤，在被鬼子击落楼顶的瞬间，绑在身上的引线也被拉响。

约翰醒了过来，看着倒在血泊中的学生，他愧疚不已。可还未来得及安葬学生，鬼子大佐长谷川，便率领军队赶来，他代表手下，向约翰以及女学生道歉，称会派手下，把住门口，守卫他们的安全，并给她们带来了食物，其实，就是害怕女学生逃跑，好一个道貌岸然！

众人将两名女学生下葬，秦淮女透过玻璃，默默地看着一切，看着这群受伤的孩子，她们也深感愧疚，表达了歉意。约翰为了女学生们，愿意留下，保护她们，他想带她们离开这里，可，院中的卡车早已坏掉，要想修好，就得需要工具。

为了修好卡车，他只好找书娟的父亲，老孟。老孟为了保护女儿，不得不留在南京，给日本人当起了翻译，就这样，他成了女儿眼中的汉奸，不受待见。深夜，由于伤口溃烂发炎，重伤的孩子，再也扛不住了。秦淮女豆蔻看孩子像她弟弟，为了让孩子听首《秦淮景》，偷偷溜出去，便回翠禧楼去拿琵琶弦，而同时偷跑出去的香兰，则回去拿落下的耳坠了。

玉墨大感不妙，恳求约翰出去寻找两人，就在豆蔻和香兰返回时，很不幸，她们遇见了鬼子，逃跑中，香兰被一枪打中脖子，当场死亡，豆蔻则跳入河中，被鬼子捞了出来。等约翰找到两人时，她们早已倒在血泊中。看着染血的琴弦，玉墨痛哭不已。

晚上，老孟给约翰带来了工具，并给了他一张通行证，约翰，对老孟感谢不已，老孟却说，在我女儿眼里，我是个坏人，是个汉奸。约翰，连夜修好车子，加好柴油，可她们真的能逃出南京城吗？

卡车刚一修好，第二天，长谷川便带领鬼子前来，女学生们迫不得已，给鬼子合唱。歌声刚完，长谷川便向女学生们提出参加宴会要求，约翰，深知鬼子图谋不轨的心思，便拒绝了长谷川，但，长谷川说这是命令，不能拒绝，还让手下清点了学生数量，总共人，明天一个都不能少。

人，一个也不能少。学生们不想被鬼子糟蹋，深夜，她们全部爬上钟楼，想要跳楼自杀。约翰与秦淮女们及时赶到，他们劝孩子们不要胡来，玉墨说，你们下来，不要乱来，我替你们去。就这样，学生们走下了钟楼。

事后，有些人却后悔了，她们不想去了，但玉墨却说，自古以来，大家都说，商女不知亡国恨，隔江犹唱后庭花，所以，玉墨想干一件顶天立地的大事，改一改自古以来的骂名，最玉墨的领头下，最终，所有人愿意替学生前去。

学生们将新校服，拿给姐姐们穿，看着姐姐们打闹，学生们也笑了起来。可，校服太小，她们穿不上，于是，就将窗帘撕了下来，改成校服，将床单改成胸布，穿上校服，把值钱的东西送给孩子们，并为她们演奏了一首《秦淮景》，最后，她们躺成一排，约翰将她们的头发，剪成了短发。

一番改造下来，秦淮女们变成了学生模样，可无论乔治怎么数，都只有人，还差一个。这时，乔治站了出来，他决定男扮女装，顶上去。看着乔治坚定地眼神，约翰最终同意，他用剪下的头发，做了一顶假发，接着，给乔治画好妆，就这样，最后一个女学生有了。约翰说他不能真去，要中途跳车逃跑，但，乔治拒绝了，他要留下来，为约翰和女学生们争取逃跑的时间。约翰百感交集，秦淮女们也打碎镜子，用布将碎片包好，做好了拉鬼子垫背的准备。

终于，分别的时候到了，秦淮女们一个个走了出来，老孟前来替女儿求情，鬼子数着数，根本不理他，这时，老孟发现，里面根本没有女儿，临走时，鬼子开枪杀了老孟。约翰来不及埋葬老孟，只是将帽子扣在了他的脸上，接着便将女学生，藏在车厢，并告诉书娟，她的父亲是个英雄，然后用货物将她们遮住。

卡车疾速驶离教堂，在路过关卡时，约翰用几箱红酒贿赂鬼子，成功逃避了搜查。迎着朝阳，一路逃跑，约翰眼中，早已充满泪水，没有人知道，秦淮女们的结局，书娟无数次，回忆起秦淮女们，刚进教堂的场景，那时的她们放荡不堪，可，被押上卡车时，她们的背影是那么的的伟大，那一刻的她们，就是顶天立地的英雄！

商女不知亡国恨，隔江犹唱后庭花。这句千古流传下来的诗句，自此，被她们打破，在她们身上，显得是那样的可笑。正如，李教官所说，这群学生是未来的希望，她们如果被日军抓走，他的那些弟兄，就白死了。而玉墨也没有失信，她和姐妹们用自己的生命，保护了学生们，也保住了国家的未来，国家的希望！