三体是指半人马座α星，那是天文学上的三体系统，文中在这个三体系统中的行星上有一个外星文明-三体人，它们贯穿全文，是文中的一个重要部分，于是取名三体。故事的时间尺度上从文革时期到大宇宙毁灭。整个故事的导火索就是一个文革时期被迫害的女知青。主要内容讲了地球文明遇到科技相对地球更发达的三体文明，从一开始毫无反抗能力到后面通过黑暗森林威胁和平共处，再后来威胁失败了太阳系被别的高级文明毁灭，两个地球人逃出太阳系，在外面又得到三体人帮助，进入小宇宙生活到整个大宇宙毁灭的那一刻。

文化大革命如火如荼地进行，天文学家叶文洁在期间历经劫难，被带到军方绝秘计划“红岸工程”。叶文洁以太阳为天线，向宇宙发出地球文明的第一声啼鸣，取得了探寻外星文明的突破性进展。

三颗无规则运行的太阳主导下，四光年外的“三体文明”百余次毁灭与重生，正被逼迫不得不逃离母星，而恰在此时，他们接收到了地球发来的信息。

对人性绝望的叶文洁向三体人暴露了地球的坐标，彻底改变了人类的命运。地球的基础科学出现了异常的扰动，纳米科学家汪淼进入神秘的网络游戏《三体》，开始逐步逼近这个世界的真相。汪淼参加一次玩家聚会时，接触到了地球上应对三体人到来而形成的一个秘密组织（ETO）。

地球防卫组织中国区作战中心通过“古筝计划”，一定程度上挫败了拯救派和降临派扰乱人类科学界和其他领域思想的图谋，获悉处于困境之中的三体人为了得到一个能够稳定生存的世界决定入侵地球。

在运用超技术锁死地球人的基础科学之后，庞大的三体舰队开始向地球进发，人类的末日悄然来临。

三体小说描述的是，三体文明与地球文明之间持续了三百多年的侵略与反侵略战争，最后以两败俱伤收场。

具有科技碾压优势的三体文明完全是直线思维，不具备地球人的谋略思想。

处于劣势的地球文明依靠自己的智慧，在罗辑等一班人的努力下，达成均势。

无奈地球人自己劣性根作祟，直至作死。