影片开始时采用回忆方式引出本片的人类主人公麦迪森(小11饰)，艾玛(维拉.法梅加饰)和马克《凯尔钱德勒饰)，时间线位于2014年旧金山事件，讲述罗素一家因哥斯拉与两只穆托的战斗而失去了儿子，从此，艾玛致力于对怪兽的研究期望借此能够拯救世界，而马克则陷入酗酒，二人因此感情破裂。接着时间线回到2019年，艾玛完成了对生物发音器 奥卡(重要道具，贯穿全片)的研究，拥有了与怪兽沟通的能力，首次使用于中国云南神秘森林。通过对刚刚学化出的魔斯拉使用奥卡，从而安抚了受到惊吓而情绪愤怒的魔斯拉(幼虫期)，但也因此被admiral绑架，开始对每一位上古怪兽的环形，企图由此改善地球的生态环境。

离开云南后，艾玛一行人来到位于南极洲，唤醒于近期发现的“需号怪兽”一王者基多拉。与此同时，为解救母女二人而来的马克行人跟随着哥斯拉来到南极洲、 在双玛按动爆炸装置后，王者基多拉苏醒，并杀死了薇微安教授莉霍全斯饰，第一部中的女博士。在马克等人陷人危机时，哥斯拉登场，在南极洲于基多拉展开第一次对决，哥斯拉受伤败下降来，基多拉进离。(注意这点!!!)，由于基多拉不属于地球的生态系统，人类研发的氧气破坏装置对基多拉造成零点伤害，反而重创哥斯拉，使哥斯拉不得不回到海沟深处的巢穴基多拉以玛拉岛为老巢，重新长出头后，唤醒分布于世界各地的远古巨兽。本片当中苏醒的有:斯库拉(像蜘蛛)，剑龙怪兽(那座山)，猛犸(投鼻子)以及全新的一只穆托(应该是王者穆托，也有说法叫做穆托王)，并按照基多拉的指令破坏各大城市。麦迪森在得知通过奥卡可以使其他怪兽(除了位于顶级食物链的基多拉)停止攻击后，带着奥卡来到芬兰球场，通过广播影响怪兽。也因此吸引了基多拉和在入类帮助下重生的哥斯拉来到此地展开最终对决。而魔斯拉则与拉顿展开对战并打败了拉顿。但在为哥斯拉挡住基多拉的高能射线后死去，化为能量注入哥斯拉体内。

在得到足够的核能后，哥斯拉进化为红莲哥斯拉，通过热能聚变将基多拉粉碎并吃掉基多拉的主头(中间那颗)，成为新的怪兽之王，号令其他怪曾停止攻击行为，与人类共存。

 金刚大战哥斯拉2剧情:

主要讲述了两大王者之争，金刚生存的岛屿已经资源极度匮乏，不得不寻找新的住所，金刚开始向外面转移，但是转移的路线大多都在海上，而海上还有着一只怪兽哥斯拉。

人类为了自己的未来，让两大金刚互相对抗，并想通过这场战争找到怪兽的发源地，人们想要利用金刚，帮助人类到达另一思维高度。

哥斯拉和一只大猩猩的打斗剧情。